Keyakinan terhadap adanya berbagai roh yang menempati alam sekitar tempattinggalnya. Kepercayaan ini disebut animisme. Kepercayaan animisme berkembang pesat pada masa bercocok tanam dan beternak. Pada masa ini manusia sudah mengembangkan kebudayaan megalitikum yang ditandai dengan pembuatan bangunan pemujaan dari batu-batu besar seperti menhir, punden berundak, dolmen, arca batu, kubur batu, dan sarkofagus.

a) Menhir

    Bangunan ini berupa tugu batu yang didirikan untuk upacara menghormati roh nenek moyang. Menhir dianggap seperti lambang dan takhta persemayaman roh leluhur. Bangunan menhir ada yang berdiri tunggal dan ada yang berkelompok serta ada pula yang dibuat bersama bangunan lain seperti punden berundak. Menhir ditemukan di Pasemah (Sumatra Selatan), Sulawesi Tengah, dan Kalimantan.

b) Punden Berundak

    Bangunan ini terbuat dari batu yang bertingkat-tingkat dan berfungsi sebagai tempat pemujaan terhadap roh nenek moyang. Punden berundak dianggap sebagai bangunan suci yang dijadikan sebagai tempat upacara. Pendirian punden berundak dilakukan berdasarkan arah mata angin yang diyakini memiliki kekuatan gaib atau di tempat-tempat yang dianggap sebagai tempat bersemayamnya roh nenek moyang seperti gunung atau bukit. Peninggalan Punden Berundak dapat ditemukan di Lebak Sibedug (Banten Selatan), dan puncak gunung Argapura di Jawa Timur.

c) Dolmen

    Bangunan ini menyerupai meja dari batu dan berfungsi sebagai tempat meletakkan saji-sajian untuk pemujaan. Dolmen juga berfungsi sebagai tempat duduk kepala suku. Dolmen bisa ditemukan di Cipari, Kuningan (Jawa Barat), Bondowoso dan Jember (Jawa Timur).

d) Arca Batu

    Arca biasanya berbentuk binatang atau manusia. Arca ditemukan di daerah Pasemah (Sumatra Selatan), Lampung, Jawa Tengah. Gambar binatang yang digambarkan adalah gajah, harimau, dan monyet.

e) Kubur Batu

    Kubur batu dibuat dari papan batu yang disusun persegi empat berbentuk peti mayat yang dilengkapi dengan alas dan bidang atasnya berasal dari papan batu. Kubur batu ditemukan di daerah Cipari, Kuningan, Cirebon (Jawa Barat). Dalam kubur batu tersebut ditemukan rangka manusia yang sudah rusak, alat-alat perunggu dan besi, serta manik-manik.

f) Sarkofagus

    Bangunan ini berupa keranda batu atau peti mayat yang terbuat dari batu. Bentuknya menyerupai lesung dari batu utuh yang diberi tutup. Di dalamnya terdapat mayat dan bekal kubur berupa periuk, kapak persegi, perhiasaan, dan benda-benda dari perunggu serta besi. Sarkofagus ditemukan di Samosir, Sumatra Utara.

    Masyarakat praaksara telah mengenal sistem kepercayaan sejak masa berburu dan mengumpulkan makanan tingkat lanjut. Pada saat itu manusia telah mengenal kepercayaan terhadap kehidupan sesudah kematian. Kepercayaan ini mendorong masyarakat purba melakukan pemujaan terhadap roh leluhur. Berdasarkan kepercayaan tersebut, masyarakat purba selanjutnya mengenal kepercayaan animisme, dinamisme, dan totemisme.

1) Animisme

   Dalam kepercayaan animisme, manusia percaya bahwa roh nenek moyang akan selalu mengawasi dan melindungi kehidupan mereka. Roh tersebut akan menghukum manusia jika melakukan perbuatan yang melanggar adat. Oleh karena itu, orang yang mengetahui dan menguasai adat nenek moyang akan menjadi ketua adat atau pemimpin masyarakat. Selanjutnya, kedua adat akan memimpin maysrakat untuk melakukan penghormatan terhadap roh nenek moyang.

2) Dinamisme

   Dinamisme merupakan kepercayaan bahwa benda-benda tertentu seperti batu dan pohon besar mempunyai kekuatan gaib. Bahkan, benda-benda yang dibuat manusia seperti tombak, cincin, dan pedang dianggap memiliki kekuatan gaib. Benda-benda yang memiliki kekuatan gaib tersebut akan dijadikan benda suci atau benda pusaka. Kekuatan abstrak atau gaib yang berdiam pada suatu benda disebut mana. Benda-benda yang mempunyai mana dipercaya dapat mendatangkan pengaruh baik dan buruk bagi manusia. Oleh karena itu, benda-benda tersebut dipelakukan secara istimewa dan dihormati dengan berbagai ritual.

3) Totemisme

    Totemisme merupakan kepercayaan terhadap binatang-binatang tertentu sebagai lambang nenek moyang. Binatang-binatang yang dianggap sebagai perwujudan nenek moyang di setiap daerah berbeda-beda. Sebagian masyarakat purba di Papua dan Pulau Seram meyakini bahwa kadal adalah binatang yang menjadi perwujudan nenek moayang. Oleh karena itu, binatang tersebut dikeramatkan dan tidak boleh diburu, kecuali untuk kepentingan upacara tertentu.

    Para ahli mengemukakan teori berbeda-beda mengenai asal-usul bengsa Indonesia. Ada empat teori yang menjelaskan tentang asal-usul nenek moyang Indonesia. Keempat teori tersebut memiliki dasar berbeda-beda. Keempat teori tersebut sebagai berikut.

a. Teori Yunan

    Teori Yunan menyatakan bahwa bangsa Inndonesia berasal dari Yunan. Tiongkok Selatan. Salah satu sejarawan yang mendukung teori ini adalah Mohammad Ali. Menurut Mohammad Ali, bangsa Indonesia berasal dari daerah Yunan yang terdesak ke selatan karena masuknya suku-suku lain yang lebih kuat. Teori Yunan juga disetujui oleh R.H. Geldern dan J.H.C Kern.

   Teori Yunan didasari oleh hasil temuan teknologi dan persamaan bahasa. berdasarkan penemuan kapak tua di wilayah Indonesia dapat disimpulkan bahwa bentuk kapak tersebut memiliki kesamaan dengan temuan kapak di wilayah Asia Tengah. Dari perbandingan tersebut dapat ditarik kesimpulan bahwa mengenai adanya persebaran migrasi besar-besaran penduduk Asia Tengah ke Kepulauan Indonesia. Dari segi  kebahasaan, bahasa Melayu yang berkembang d Indonesia memiiki kesamaan dengan bahasa Champa yang berkembang di Kamboja. Hal ini membuka kemungkinan bahwa penduduk di Kamboja berasal dari daratan Yunan. Selanjutnya, terjadi perpindahan penduduk dari Kamboja menuju ke selatan hingga mencapai Kepulauan Indonesia. Kedatangan manusia dari Yunan ke Kepulauan Indonesia melalui tiga gelombang, yaitu perpindahan Negrito, Proto Melayu, dan Deutro Melayu.

b. Teori Nusantara

    Teori nusantara bertolak belakang dengan teori Yunan. Apabila teori Yunan meyakini bahwa bangsa Indonesia berasal dari luar maka teori Nusantara mengemukakan bahwa bangsa Indonesia berasal dari Indonesia sendiri. Teori ini didukung oleh Muhammad Yamin, Gorys Keraf, dan J. Crawford. Dasar-dasar teori ini sebagai berikut.

1) Bangsa Melayu merupakan bangsa yang berperadaban tinggi. Peradaban ini tidak mungkin terwujud tanpa melalui proses perkembangan dari kebudayaan sebelumnya.

2) Berdasarkan perbandingan kebahasaan, bangsa Melayu memang mempunyai kesamaan dengan bahasa Champa (Kamboja). Meskipun demikian, teori Nusantara berpandangan bahwa kesamaan bahasa tersebut hanya sebuah kebetulan.

3) Orang Melayu bukan berasal dari luar, tetapi merupakan keturunan Homo Soloensis dan Homo Wajakensis.

4) Adanya perbedaan bahasa antara bahasa Austonesia yang berkembang di Indonesia dengan bahasa Indo-Eropa yang berkembang di Asia Tengah.

c. Teori Out of Africa

   Teori Out of Africa menyatakan bahwa asal-usul manusia modern di berbagai blahan dunia berasal dari Afrika. Teori ini berdasarkan pada penelitian DNA. Menurut ahli genetika asal Amerika Serikat, Max Ingman, manusia modern berasal dari afrika antara kurun waktu 100-200 ribu tahun lalu. Dari Afrika mereka menyebar ke luar Afrika. Penelitian Ingman juga menunjkkan tidak adanya gen manusia yang bercampur dengan gen spesies manusia purba.

d. Teori Out of Taiwan

    Teori Out of Taiwan memercayai bahwa manusia Inndonesia berasal dari Taiwan. Teori ini didukung oleh Harry Truman Simanjuntak. Dengan pendekatan linguistik, ditarik kesimpulan bahwa keseluruhan bahasa yang digunakan oleh suku-suku di Inndonesia memiliki rumpun yang sama, yaitu rumun Austronesia. Dengan kata lain, akar dari keseluruhan cabang bahasa yang digunakan oleh leluhur yang menetap di Kepulauan Indonesia berasal dari rumun Austronesia di Pulau Foromosa atau Taiwan.

    Proses evolusi bumi dapat dipelajari dengan ilmu geologi. Menurut ilmu geologi, evolusi bumi berlangsung selama jutaan tahun. Berdasarkan hasil penelitian geologi, diketahui bahwa umur bumi sekira 4.570 juta tahun. Dalam kurun waktu yang sangat lama bumi mengalami perubahan hingga membentuk bumi yang sekarang. Menurut ilmu geologi, proses pembentukan bumi terbagi menjadi atas beberapa fase atau zaman. Pembagian zaman berdasarkan geologi sebagai berikut.

a. Zaman Arkeozoikum/Azoikum (4,5 - 2,5 Miliah Tahun Lalu)

    Arkeozoikum artinya kehidupan purba. Masa ini merupakan awal pembentukan batuan kerak bumi yang kemudian berkembang menjadi protokontinen. Lempeng tektonik yang menyebabkan gempa terbentuk pada masa ini. Lingkungan hidup pada masa ini dapat digambarkan mirip dengan lingkungan mata air panas. Masa arkeozoikum merupakan awal terbenuknya hidrosfer dan atmosfer serta awal munculnya kehidupan primitif di dalam samudra berupa mikroorganisme.

b. Zaman Paleozoikum (2,5 - 245 Juta Tahun Lalu)

    Secara harfiah paleozoikum artinya masa kehidupan awal. Pada masa ini mulai terjadi perkembangan atmosfer dan hidrosfer, serta kehidupan mikroorganisme bersel tunggal menjadi bersel banyak. Pada masa ini jenis hewan invertebrata bertubuh lunak seperti ubur-ubur, cacing, dan koral juga mulai muncul di laut-laut dangkal.

    Periode pada zaman paleozoikum, yaitu periode kambrium, ordovisium, silur, devon, karbon, dan perm. 

c. Mesozoikum (245-65 Juta Tahun Lalu)

    Masa mesozoikum disebut juga zaman sekunder. Pada masa ini mulai muncul makhluk hidup yang beraneka ragam. Pada masa ini kondisi bumi mulai stabil. Iklim sudah bersahabat dan curah hujan mulai menuun. Masa mesozoikum merupakan awal kemunculan binatang reptil berukuran besar seperti tyrannosaurus, spinosaurus, stegosaurus, dan brontosaurus. Masa mesozoikum dibagi menjadi tiga periode, yaitu periode trias, jura, dan kapur.

   1) Periode trias, berlangsung sejak 225-190 juta tahun lalu. Pada periode ini kondisi bumi menjadi kering dan tidak subur. Selain itu, pada periode ini benua Pangaea bergerak ke utara dan gurun tebentuk. Pada periode ini dinosaurus dan reptilia laut berukuran besar muncul untuk pertama kalinya.

   2) Periode jura, berlangsung sejak 190-136 juta tahun lalu. Pada periode ini dinosaurus dan tyrannosaurus berkembang menjadi penguasa daratan, ichtiyosaurus menjadi pemburu dalam lautan, dan pterosaurus merajai angkasa.

   3) Periode kapur, berlangsung sejak 136-65 juta tahun lalu. Pada periode ini dinosaurus  mengalami kepunahan karena terjadi perubahan drasts iklim hangat menjadi iklim dingin. Perubahan ini menyebabkan dinosaurus tidak mampu menyesuaikan diri.

d. Masa Neozoikum/Kenozoikum (65-1,8 Juta Tahun Lalu)

    Masa neozoikum dikenal dengan zaman kehidupan baru. Penyebutan ini didasarkan pada kepunahan binatang-binatang raksasa dan munculnya jenis kehidupan baru yang mirip dengan makhluk hidup saat ini. Kehidupan pada masa neozoikum dibedakan menjadi zaman tersier dan kuarter.

   1) Zaman Tersier

       Zaman tersier berlangsung sekira 65-1,8 juta tahun lalu. Pada zaman ini muncul primata dan burung tidak bergigi berukuran besar seperti burung unta. Selain itu, muncul fauna laut seperti ikan, molusca, dan echinodermata yang sangat mirip dengan fauna laut sekarang. Pada zaman tersier hingga kuarter terjadi kemunculan serta kepunahan hewan dan tumbuhan secara silih berganti. Rangkaian peristiwa ini terjadi karena perubahan iklim global yang ekstrem.

   2) Zaman Kuarter

        Zaman kuarter berlangsung sekira 1,8 juta tahun lalu. Zaman kuarter dibedakan menjadi dua periode, yaitu kala pleistosen dan holosen. Kala pleistosen dimulai sekira 1,8 juta tahun lalu dan berakhir pada 10.000 tahun yang lalu. Kala pleistosen kemudian diikuti kala holosen yang berlangsung sampai sekarang.